門跡（もんぜき）
一門の仏法の系統を受けついでいる寺院。
また、法親王・摂家の子弟が入って仏法の系統をつぐ寺院。
門跡（もんせき、もんぜき）は、皇族・公家が住職を務める特定の寺院、あるいはその住職のことである。 寺格の一つ。 元来は、日本の仏教の開祖の正式な後継者のことで「門葉門流」の意であった（この場合は門主とも）。 鎌倉時代以降は位階の高い寺院そのもの、つまり寺格を指すようになり、それらの寺院を門跡寺院と呼ぶようになった。
門跡 – Wikipediaより引用
。元々は日本発祥の宗派の後継者を示す門葉門流が元です。
つまり、寺院の住職、つまり人でした。
鎌倉時代になると国の定めた位が高い寺院、貴族や皇族と関係の深い寺院を門跡と呼ぶようになりました。
何故そうなったかと言えば、個人よりも「家」が重要視されていた時代背景と関係があります。平安時代は貴族の天下でしたが、鎌倉時代になると武士の時代となり急に貴族、皇族までもド貧乏とまではいかずとも経済的に困難な事態に陥りました。またこの時代の貴族は一夫多妻制。結婚や子供が生まれる度にお金がかかります。
そこで、跡継ぎの長男だけを残し、後はお寺にやってしまおうとなったのです。万が一長男が死んだら還俗と言って俗世に戻すのもアリ。
この時代の出家はいわば体のいい口減らしでした。経済的に困るとは言ってもある程度の財産はあり、お寺に寄進することも可能だったので、だんだんお寺の事にも口を出すようになります。
こうして、門跡と言ったら皇族や貴族の継ぐお寺を示すようになったのです。
ちなみに、門跡の住職を門主（もんす）と言います（宗派によっては門首）。元々の意味である日本発祥の宗派の後継者も門主と呼ばれていました。
門跡の名が正式にお寺の位格として成立したのは室町時代のこと。門跡関係の役職まで作られました。江戸時代には門跡にもランクが付くようになります。
【宮門跡】
出家をした親王が門主を務める門跡のことです。
【摂家門跡】
摂家、つまり公家のトップ５が門主を務めることを言います。この場合は必ずしも寺院を意味するわけではありません。
【准門跡】
門跡に準じた位格を持った寺院です。別名は脇門跡。
【醍醐寺五門跡】
醍醐寺の門主を輩出した五つの寺院です。三宝院、無量寿院、金剛王院、報恩院、理性院の五つになります。
【天台宗五門跡】
天台宗関連の門跡です。皇族、貴族が住職を務めてきました。青蓮院、妙法院、毘沙門堂、曼殊院、三千院の五つです。
【五門跡】
浄土真宗の中で門跡とされる寺院です。内訳は西本願寺、東本願寺、仏光寺、興正寺、専修寺、錦織寺。一つ多いですが、錦織寺は一時浄土宗だったのが浄土真宗に戻り、門跡に加えられました。割と時代が最近（１８１４年）な為か、五門跡のままとなっています。
【比丘尼御所】
内親王や貴族の娘などが尼寺に入り住職を務めた寺院です。別名は尼門跡。各宗派から尼門跡が誕生しています。
門跡寺院とそうでないお寺との一番大きな違いは、境内に菊のご紋があることです。
また、築地塀に5本の白い筋が入っています。筋の数は格式によって変わり、5本は最高格です。
門跡寺院もほかの寺院と同様に、通常拝観が可能なところと、そうでないところがあります。
女性皇族や公家の息女が住職となった尼門跡寺院は、ほとんどが通常非公開です。
華道や茶道の家元であることが多いため、そのお寺で稽古をする人のみ拝観できるとされるところが多くあります。
「門跡」の格は、室町時代には、親王門跡（宮門跡）・攝家門跡・公方門跡・准門跡（脇門跡）がありましたが、後に、宮門跡・攝家門跡・准門跡の三門跡に呼称が確定されました。
現在、門跡寺院は日本中に17ヶ寺あります。
輪王寺（りんのうじ） 東京都台東区上野 東叡山輪王寺 天台宗
輪王寺（りんのうじ） 栃木県日光市山内 日光山輪王寺 天台宗
圓満院（えんまんいん） 大津市園城寺町 天台宗
青蓮院（しょうれんいん） 京都市東山区粟田口 別称粟田御所 天台宗
毘沙門堂（びしゃもんどう） 京都市山科区 天台宗
曼珠院（まんじゅいん） 京都市左京区一乗寺 別称竹内門跡 天台宗
三千院（さんぜんいん） 京都市左京区大原 別称円融院梶井門跡 天台宗
妙法院（みょうほういん） 京都市東山区東大路七条 別称日吉門跡 天台宗
聖護院（しょうごいん） 京都市左京区聖護院 天台宗
実相院（じっそういん） 京都市左京区岩倉 別称岩倉門跡 天台宗
滋賀院（しがいん） 大津市坂本 天台宗
仁和寺（にんなじ） 京都市右京区御室 真言宗
大覚寺（だいかくじ） 京都市右京区嵯峨大沢町 通称嵯峨御所 真言宗
随心院（ずいしんいん） 京都市山科区小野 通称小野門跡 真言宗
勧修寺（かじゅうじ） 京都市山科区勧修寺 別称山階門跡 真言宗
三宝院（さんぽういん） 京都市伏見区醍醐東大路 真言宗
知恩院（ちおんいん） 京都市東山区 別称吉水禅房 浄土宗